“有证合法，无证违法”，是行政机关认定违章建筑的通常做法，房屋作为国人最重要的财产之一，如此简单、粗暴的被认定，进而丧失所有权利当然会招致很多不满。事实上，认定公民财产是否合法，必须以法律为依据。例如《城乡规划法》规定，县级以上地方人民政府的城乡规划主管部门或乡、镇人民政府是违法建筑的认定机关，在认定过程中必须要考虑实体法的相关规定。

　　界定违章建筑的主要法律依据是《城乡规划法》和《土地管理法》。一方面，建筑物必须以土地为依托，离开了土地，建筑物不可能存在，依靠《土地管理法》加强土地用途的管制可以有效地限制违章建筑;另一方面，城市的违章建筑问题与农村相比更为突出，依照《城乡规划法》可以处理大部分违章建筑。但仅仅依据《城乡规划法》和《土地管理法》两部法律所界定的违章建筑，适用范围较窄。

　　现行法律、行政法规中，与违章建筑相关的规定还有：《建筑法》、《环境保护法》、《防洪法》、《文物保护法》、《水污染防治法》、《城市房地产管理法》、《公路法》、《铁路法》、《水利法》等，行政法规包括《城市道路管理条例》、《文物保护法实施条例》、《广播电视设施保护条例》、《长江三峡工程建设移民条例》、《城市绿化条例》、《建设工程质量管理条例》等。

　　认定机关应以上述法律、行政法规为依据，判断建筑物的属性。若违反上述法律、行政法规及规章，未取得建设工程规划许可证或者虽取得了建设工程规划许可证，但违反建设工程规划许可证的规定进行建设，严重影响城市规划的建筑物和构筑物的，应当认定为违章建筑。

　　另外需要注意违章建筑的补正问题。《城乡规划法》第六十四条规定：未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设;尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款;无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。由此可以看出，违反法律、行政法规及规章建造的建筑物，并不必然被认定为违章建筑，符合条件的可以采取相应的措施而获得补正。